Épidémiologie des Coronavirus 229E dans les infections respiratoires

Déclaration de liens d’intérêts: Les auteurs déclarent ne pas avoir de liens d’intérêts.

Épidémiologie des infections à coronavirus NL63: à propos d'une série de 64 patients

Déclaration de liens d’intérêts: Les auteurs déclarent ne pas avoir de liens d’intérêts.

Evaluating the serological status of COVID-19 patients using an indirect immunofluorescent assay, France.

An indirect in-house immunofluorescent assay was developed in order to assess the serological status of COVID-19 patients in Marseille, France. Performance of IFA was compared to a commercial ELISA IgG kit. We tested 888 RT-qPCR-confirmed COVID-19 patients (1302 serum samples) and 350 controls including 200 sera collected before the pandemic, 64 sera known to be associated with nonspecific serological interference, 36 sera from non-coronavirus pneumonia and 50 sera from patient with other common coronavirus to elicit false-positive serology. Incorporating an inactivated clinical SARS-CoV-2 isolate as the antigen, the specificity of the assay was measured as 100% for IgA titre ≥ 1:200, 98.6% for IgM titre ≥ 1:200 and 96.3% for IgG titre ≥ 1:100 after testing a series of negative controls. IFA presented substantial agreement (86%) with ELISA EUROIMMUN SARS-CoV-2 IgG kit (Cohen's Kappa = 0.61). The presence of antibodies was then measured at 3% before a 5-day evolution up to 47% after more than 15 days of evolution. We observed that the rates of seropositivity as well as the titre of specific antibodies were both significantly higher in patients with a poor clinical outcome than in patients with a favourable evolution. These data, which have to be integrated into the ongoing understanding of the immunological phase of the infection, suggest that detection anti-SARS-CoV-2 antibodies is useful as a marker associated with COVID-19 severity. The IFA assay reported here is useful for monitoring SARS-CoV-2 exposure at the individual and population levels.

Infections par le virus parainfluenza 4 : une série de 84 patients positifs

Les infections virales respiratoires constituent une cause majeure de consultations aux urgences et d'hospitalisations, au sein de tous les groupes d'âges. Les rhinovirus, le virus respiratoire syncytial, le virus de la grippe et les coronavirus sont les mieux connus et considérés comme les plus prévalents. Les virus parainfluenza, des virus à ARN simple brin appartenant au genre Paramyxovirus sont moins bien connus et leur prévalence est possiblement sous-estimée du fait qu'on ne les recherche pas systématiquement. Ils causent habituellement des maladies bénignes de l'arbre respiratoire mais peuvent parfois être associés à des manifestations plus sévères comme des pneumonies, des exacerbations de BPCO ou d'asthme. Il existe 4 types de virus parainfluenza, nommés HPIV1 à 4. Très peu de données existent sur l'épidémiologie du HPIV4. L'objectif est de décrire rétrospectivement l'épidémiologie des infections à HPIV4, sur une période de 3 ans, soit de début 2017 à fin 2019. Les échantillons respiratoires inclus dans cette analyse rétrospective ont été reçus entre le 1er janvier 2017 et le 1er janvier 2020. La recherche de HPIV4 a été réalisée par PCR en temps réel avec les kits FTD Respiratory pathogens 21 (Fast Track Diagnosis, Luxembourg) ou Biofire Filmarray Respiratory panel 2 plus (Biomérieux, France). Un total de 16 357 correspondant à 11 976 patients a été testé entre le 1er janvier 2017 et le 31/12/2019. HPIV4 a été détecté dans 97 prélèvements respiratoires appartenant à 84 patients. Le sex-ratio était de 0,74 (36 hommes et 48 femmes). L'âge moyen des cas était de 28 ans (âge médian : 4 ans) ;à noter que 38,5 % des cas (32 patients) étaient âgés de 1 an ou moins. On comptait des 6 doubles infections avec HPIV2, 1 avec HPIV3, 1 triple infection avec HPIV2 + HPIV3, et 1 avec HPIV1 + HPIV2. Un décès a été notifié, il s'agissait d'une femme de 86 ans grabataire, initialement adressée pour chute avec traumatisme crânien, dans un contexte de décompensation cardiaque. Quatre jours après le début de son hospitalisation, la patiente a présenté une dégradation respiratoire avec acidose hypercapnique sur pneumopathie probable. Staphylococcus aureus avait été isolé d'une hémoculture et seul HPIV4 avait été retrouvé au niveau de ses prélèvements respiratoires. Un traitement par piperacilline tazobactam a été instauré. L'évolution a été défavorable avec défaillance multiviscérale et décès 9 jours plus tard. Notre étude rétrospective est l'une des plus grandes séries de cas décrivant les infections à HPIV4, et donne un aperçu global de leur épidémiologie locale. Ces données suggèrent que la prévalence des HPIV4 est probablement sous-estimée. Sa recherche systématique par PCR sur tous les prélèvements respiratoires devrait nous permettre de mieux évaluer et comprendre son épidémiologie. [ABSTRACT FROM AUTHOR] Copyright of Medecine & Maladies Infectieuses is the property of Elsevier B.V. and its content may not be copied or emailed to multiple sites or posted to a listserv without the copyright holder's express written permission. However, users may print, download, or email articles for individual use. This abstract may be abridged. No warranty is given about the accuracy of the copy. Users should refer to the original published version of the material for the full abstract. (Copyright applies to all Abstracts.)

Caractéristiques épidémiologiques et cliniques de 136 infections à coronavirus OC43 diagnostiquées dans des hôpitaux universitaires de 2017 à 2019

Introduction Les coronavirus humains OC43 (HCoV-OC43) sont des agents communs, notamment chez les jeunes enfants, d’infections des voies respiratoires hautes et parfois basses. Ils appartiennent au genre Betacoronavirus et sont génétiquement très différents d’autres HCoV incluant les HCoV-229E et -NL63. De plus, il a été décrit que l’épidémiologie et la symptomatologie associées à leurs infections différent de celle des autres HCoV. Depuis 2017, nous réalisons au laboratoire de microbiologie et virologie clinique de notre centre hospitalo-universitaire (CHU) l’identification des HCoVs. Nous décrivons ici les caractéristiques épidémiologiques et cliniques des infections à HCoV-OC43 diagnostiquées au cours des trois dernières années. Matériels et méthodes Les prélèvements respiratoires testés pour la présence du HCoV-OC43 ont été ceux adressés de janvier 2017 à décembre 2019 pour recherche de virus respiratoire au laboratoire de diagnostic microbiologique et virologique de notre CHU. Le diagnostic de HCoV-OC43 a été réalisé par PCR en temps réel avec les trousses FTD Respiratory pathogens 21 (Fast Track Diagnosis, Luxembourg) ou Biofire Filmarray Respiratory panel 2 plus (Biomérieux, France). Résultats Un total de 16 357 prélèvements respiratoires de 11 976 patients ont été testés au cours de la période de l’étude (3 ans). Un HCoV a été détecté dans 554 prélèvements (3,4 %) obtenus de 483 patients (4 %). HCoV-OC43 a été détecté dans 157 prélèvements (1,0 % ;29 % de ceux HCoV-positifs) de 136 patients (1,1 % ;28 % des patients HCoV-positifs) : 66 femmes et 70 hommes (sex-ratio H :F=1,1). L’âge moyen des patients HCoV-OC43-positifs était de 36±34 ans (min.–max. : 0–97 ans) avec respectivement 26 (19 %), 26 (19 %), 7 (5 %), 4 (3 %), 9 (7 %), 23 (17 %), 17 (12 %) et 24 (18 %) patients de<1, 1–5, 5–15, 15–25, 25–45, 45–65, 65–75 et>75 ans. Deux pics d’incidence ont été observés en octobre 2017 lorsqu’ils ont représenté 83 % des infections à HCoV et en septembre-octobre 2018 (81 %). Douze patients HCoV-OC43-positifs (9 %) ont été admis en réanimation. Trois (2,2 %) sont décédés : une femme de 95 ans institutionnalisée ayant présenté une pneumopathie sans co-infection, un nourrisson de 10 mois ayant présenté hypoxie d’étiologie inconnue, et un homme de 77 ans ayant présenté une pneumopathie sur cancer pulmonaire et co-infecté par Streptococcus pneumoniae. Conclusion Cette large série de cas montre que les HCoV-OC43 sont dans notre CHU une cause non négligeable d’infections respiratoires touchant particulièrement les âges extrêmes et pour lesquelles il n’existe pas actuellement de médicament actif approuvé. Ces résultats justifient d’inclure systématiquement dans le diagnostic des infections respiratoires le dépistage et l’identification des HCoV-OC43 qui restent des virus négligés. Ceci permettra de mieux caractériser l’épidémiologie, la symptomatologie, les co-infections et la mortalité associés à leurs infections.